בעקבות זאת התנהלו חיי הקהילות בהכרח, סביב אוטונומיה דתית שכלפיה הייתה סובלנות מינימלית מצד העמים הסובבים את הקהילות. כך הפכו בתי הכנסת, בתי המדרש והישיבות, למרכזי ההנהגות של כל קהילה וקהילה. תחת ההתארגנות הדתית הקימה כל קהילה את המוסדות החברתיים תרבותיים שנזקקה להן, בזיקה ברורה לפעילות דתית פולחנית. 

עד לתקופת הרנסאנס ועליית ההשכלה באירופה, כל עולם המחשבה של העמים בתוכם התקיימו הקהילות היהודיות, היה עולם מחשבה דתי. מבחינה זו, הייתה התאמה מלאה בין אורחות החיים של הקהילות היהודיות ובין אורחות החיים של העמים בתוכם ישבו. אלה התקיימו סביב כנסייה ו/או מסגד ואלה התנהלו סביב בית הכנסת. מתוך הכרח קיומי נוצר חיבור ברור וחד משמעי בין הדת היהודית ובין הלאום היהודי, אבל גם בגלל ששום עם אחר לא אימץ אליו את הדת היהודית מלבד העם היהודי. התוצאה הייתה שהגדרת היהדות כללה את שני המרכיבים של הזהות היהודית, גם לאום וגם דת.

מבחינה זו אפשר היה לצפות שלאחר הקמת בית שני, בתנאים של עצמאות ממלכתית, הייתה מתפתחת הפרדה בין הזהות הדתית ובין הזהות הלאומית של העם היהודי . אלא, שבחינת ההיסטוריה של הבית השני מלמדת שלא כך היו פני הדברים.

הקמת הבית השני, זיכתה את שבי ציון שבפחוות יהודה הפרסית - בעקבות הצהרת כורש, רק באוטונומיה דתית. שבי ציון הורשו לבנות את בית המקדש השני בירושלים, אבל לא הורשו לייסד מוסדות לאומיים שאינם קשורים לפולחן, כגון: בית מלכות וצבא, מוסדות רווחה וחינוך לאומי, מערכות משפט ופיננסים...וכו'. מערכת גביית המס שהוקמה, נועדה להעשיר את האוצר הפרסי ולא את החברה המקומית. מבחינה זו, המקדש שהוקם בירושלים היה זרועה הארוכה של האימפריה הפרסית לצורך גביית מסים. 

200 שנה לאחר מכן, היוונים כובשים את האימפריה הפרסית, וגם תחת השלטון היווני, ממשיכה היהדות להתקיים כאוטונומיה דתית. רק לאחר כ- 200 שנים נוספות, כשהחשמונאים מורדים בשלטון היווני בשנת 170 לפנה"ס, זוכה העם היהודי לאוטונומיה ממלכתית שנמשכת קצת יותר מ- 100 שנה, עד לכיבוש הארץ בשנת 63 לפנה"ס ע"י הצבא הרומאי. האם בתקופה הזו, של עצמאות יהודית התפתחה זהות לאומית יהודית או שהזהות היהודית המשיכה להיות אך ורק דתית ?

על פי עדות חז"ל כל תושבי יהודה החשמונאית היו דתיים, וכולם חיו על פי ההלכה. כלומר, המדינה החשמונאית התנהלה בפועל כמדינת הלכה. והנה, דווקא בתקופת העצמאות החשמונאית, ודווקא בתנאים של מדינת הלכה, מתרבות הכיתות בעם היהודי, מעמיקה השנאה, ונפתחת תקופה ארוכה של פילוגים ופיצולים על רקע דתי, שמגיעות עד למלחמות אחים ממש. אלה טובחים באלה ואלה רוצחים את אלה: חשמונאים, וצדוקים, ובייתוסים, ורכביים, ופרושים, ואיסיים, ויראי יהוה, ואנשי ברית דמשק, וכיתות מדבר יהודה, ואנשי ים המלח, וקנאי הגליל, וקנאי מדבר יהודה, וסיקריים... וכו', 22 כיתות לפי עדותו של יוסף בן מתתיהו, בן התקופה. כולם נלחמים בכולם, וכולם מאמינים אדוקים שרק אמונתם היא האמיתית, וכל בעל אמונה אחר ראוי שייהרג ויעבור מן העולם. מסתבר שהתנאים של מדינת לאום דתית, הלכה והעמיקה השנאה בין הפלגים היריבים בעם. מלחמות האחים לא פסקו גם כשירושלים הייתה תחת מצור רומאי כבד. כל צד רצה לצאת כשאמונתו על העליונה, עד ששרפו את מחסני המזון והנשק, אלה של אלה, והביאו לקריסת הגנת העיר בתוך שלושה שבועות. 

הנה כי כן. יש עצמאות ממלכתית, יש מדינת הלכה, אבל הסכמה על הזהות היהודית אין. וצריך לתמוה. הרי המקדש עומד בכל הדרו. כוהנים בעבודתם ולוויים על דוכנם. וארמון על משפטו יושב. יש מקדש, ויש מלך, וכולם דתיים, וכולם חיים על פי ההלכה. וכולם מאמינים באלוהי המקדש שמנהל את הטבע, מנהל את החברה ומנהל את ההיסטוריה. אז על מה יש להם להילחם אלא באלה? על מה יש להם להעמיק שנאה אלה כלפי אלה ?  

השאלה הזו עלתה גם בגמרא. ושם מסבירים חז"ל שחורבן בית שני נגרם בשל שנאת חינם שפשטה בין הכיתות היהודיות: "מקדש שני, שהיו עוסקין בתורה ובמצות וגמילות חסדים מפני מה חרב? מפני שהיתה בו שנאת חנם. ללמדך ששקולה שנאת חנם כנגד שלש עבירות: עבודה זרה, גלוי עריות, ושפיכות דמים. רשעים היו, אלא שתלו ביטחונם בהקדוש ברוך הוא ..." (בבלי, יומא, ד"ט ע"ב). 

לכאורה דבר והיפוכו. מצד אחד כל היהודים בתקופה הזו היו עוסקין בתורה ובמצות וגמילות חסדים, ומצד שני, כולם לקו בשנאת חינם. ואיך זה יתכן ? הרי המקדש עומד, והממלכה מתנהלת ע"פ ההלכה, אז מה לה לשנאת חינם בין מאמינים ? הסיפא של הגמרא פחות מוכר והוא רק מחריף את התמיהה: רשעים היו, אלא שתלו ביטחונם בהקדוש ברוך הוא... . מה פירוש רשעים היו ? הרי בתחילת הגמרא הנ"ל, מגדירים חז"ל את החברה היהודית של ימי הבית השני כעוסקין בתורה ובמצות וגמילות חסדים. ואי אפשר לתאר רשעים אמיתיים כמי שעוסקים בתורה ומצוות ובוודאי לא כמי שמשקיעים עצמם בגמילות חסדים. אז מה היו יהודי בית שני, רשעים או מאמינים אדוקים ?  

הדיוק של חז"ל מסביר את הרשעות שלהם. לא ברשעות של חמס ושוד וגזל...וכו' מדובר, אלא ברשעות אמונית. האמונה העמוקה של כל כת וכת בצדקת דרכה היא-היא אֵם כל חטאת: "שתלו ביטחונם בהקדוש ברוך הוא". אמונה אדוקה ומרשעת. פוגעים בזולתם, והורגים במתנגדיהם מתוך ביטחון מוחלט שהם עושים את רצון קונם. כל כת וכת מאמינה בלב ונפש שמעשי הרצח והלבנת הפנים של בני הכת האחרת, היא ציווי עליון של האל כפי שהם מבינים אותו. את זה חז"ל הוקיעו. את חוסר הסובלנות כלפי אידיאולוגיות אחרות. את האמונה הקיצונית בצדקת הדרך. 

כהערת ביניים אפשר לומר שזהו הבסיס לכל המלחמות בהיסטוריה האנושית. הדת הניעה את המלחמות בין העמים, כי כל עמי קדם היו דתיים וכל עם האמין שהאל שלו הוא האל היחיד שראוי לעבוד, וכל עם ראה חובה דתית לכפות את דתו על שכניו. באופן עקרוני הדת היא שמחרחרת מלחמה בין אנשים ובין עמים, משום שביסודה קיים פסילה מוחלטת כלפי הדתות אחרות. כך היה גם במדינת הלאום היהודית בין הפלגים השונים.

הפסילה המוחלטת של האחר, היא שהייתה ביסוד מלחמת האחים המתמשכת בתקופה החשמונאית וגם לאחריה, משום שהיא מובילה לחיסול "לכאורה" מוצדק של בעלי השקפות עולם השונות מאלו של בני אמונתנו. וכאשר כל כת וכל כיתה נוהגים על פי אמת המידה הזו, החברה כולה מתפרקת. זה מה שקרה לכל החברות הדתיות לאורך כל ההיסטוריה, וזה בדיוק מה שקרה לעצמאות הממלכתית שזכינו לה בתקופת הבית השני. עצמאות לאומית, אבל דתית. שוב נכרכים הדת והלאום זו בזה לבלי הפרד, עד שגם בימינו, במדינת ישראל המודרנית יש ערבוב מושגים מסוכן בין דת ולאום. למה זה קורה גם בימינו ? הרי מדינת ישראל היא חילונית ביסודה. אז למה אנחנו לא מצליחים להפריד בין דת ומדינה ?

התשובה היא פשוטה לגמרי. התרגלנו. בין חורבן העצמאות הראשונה של ימי הבית הראשון ובין ייסוד העצמאות השנייה של הבית השני בתקופה החשמונאית, חלפה תקופה ארוכה של 400 שנה לערך. לכל אורך התקופה מתקיימת היישות הלאומית ביהודה אך ורק כאוטונומיה דתית. תקופה ארוכה זו השכיחה מלב העם את האפשרות לקיום לאומי נפרד מהדת ומהפולחן כמו שהיה בתקופת הבית הראשון. לכן, כשזכינו לעצמאות השנייה בימי הבית השני, הפכה זו מיד למדינת הלכה, ושוב נכרכו הדת והלאום יחדיו. לאחר חורבן הבית השני, בשנת 70 לספירה, שבו איבדנו את העצמאות השנייה כבר לא הייתה אפשרות לקיום לאומי. הרומאים הגלו את רוב בני החברה היהודית לכל פינות העולם שבו שלטו, משום שהחברה הזו חזרה ומרדה בשלטונם שוב ושוב והסבה להם נזקים כבדים ביותר. מכאן ואילך במשך 2000 שנות גלות, עד להקמת מדינת ישראל, הוגבל הקיום של היֵשות היהודית למסגרת הדתית בלבד.

בסופו של חשבון עולה שבין חורבן הבית הראשון ועד לייסוד הממלכה החשמונאית התקיימה הישות היהודית כמסגרת דתית שכללה בתוכה גם את היסוד הלאומי במשך כ- 400 שנה. ומחורבן הבית שני ועד ימינו, תקופת גלות של עוד כ- 2000 שנה, שגם בה התקיימה הישות היהודית כמסגרת דתית בלבד, ולכן כללה בתוכה גם את היסוד הלאומי של זהותנו. כלומר: שתי תקופות של כ- 2400 שנה, שרק תקופה של כ- 100 שנות עצמאות לאומית מפרידה ביניהן, קיבעה בתודעה היהודית חיבור עמוק של היסוד הדתי עם היסוד הלאומי בתרבות היהודית, והביאה לכך שגם בימינו אנחנו לא מצליחים להפריד את הדת מהמדינה. אנחנו כבר לא זוכרים איך להתקיים כלאום שאיננו מחובר לדת. נדרשת כאן עבודת תיקון חינוכית של דור שלם או אולי של שני דורות כדי לשקם חזרה את הזהות הלאומית שאבדה לנו. 

לצערי הגדול, מתוך קוצר ראייה של מייסדי המדינה, ומשיקולים פוליטיים צרי אופק, הופקר החינוך היהודי בישראל בידי המפלגות הדתיות. דבר זה שהביא להעמקת החיבור בין הדת היהודית ובין הלאום היהודי, ערער לחלוטין את הזהות היהודית החילונית שבבסיס מדינת ישראל המודרנית, וקיבע מחדש את הזיקה בין יהדות לדת או בין דתיות ללאום. זהו המצע התרבותי שבבסיס משבר הערכים שחווה החברה הישראלית למן הקמת המדינה ועד ימינו. התנגשות בין תפיסת חיים דתית ובין תפיסת חיים לאומית - אזרחית.